Sebastián comenzó su carrera en el club Newell´s Old Boys con 6 años, y debutó en la primera división de dicho club con 18 años, de la mano de Jorge Castelli, el 10 de abril de 1999.
En el año 2004, siendo capitán del equipo, se consagra campeón del torneo Apertura Argentino, con Américo Rubén Gallego como DT.
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